Ο Σύλλογος είναι ιστορικά συνδεδεμένος με τα πρώτα χρόνια της Κρητικής Πολιτείας (1898 – 1913). Το κτίριο που στεγάζεται ο «Χρυσόστομος» βρίσκεται στην οδό Χάληδων, σχεδόν απέναντι από τη Δημοτική Πινακοθήκη κι αποτελεί τυπικό δείγμα του ρεύματος του νεοκλασικισμού στην Κρήτη. Στο θαυμάσιο και ανακαινισμένο χώρο του πραγματοποιούνται διαλέξεις, τιμητικές εκδηλώσεις για επιφανείς ανθρώπους των γραμμάτων και των τεχνών, μουσικές εκδηλώσεις και εικαστικές εκθέσεις.

«Ο Χρυσόστομος» συνδέεται στενά με τον θεσμό των Κρητολογικών Συνεδρίων, της σημαντικότερης διεθνούς επιστημονικής διοργάνωσης στην Κρήτη που αφορά στον τομέα των κρητολογικών σπουδών. Διεξάγεται κάθε πέντε χρόνια και σε διαφορετικό νομό του νησιού, συγκεντρώνει δε πολύ μεγάλο αριθμό επιστημόνων από όλο τον κόσμο που ξεπερνά τους 700. Στα Χανιά είχαν διεξαχθεί στο παρελθόν το Β΄ και το ΣΤ΄ Κρητολογικό Συνέδριο, το 1966 και το 1986. Σύμφωνα με την απόφαση της Ολομέλειας του Θ΄ Συνεδρίου, στην Ελούντα το 2001, ανατέθηκε στον «Χρυσόστομο» η διοργάνωση του επόμενου Συνεδρίου, του Ι΄, που πραγματοποιήθηκε ξανά στα Χανιά το φθινόπωρο του 2006, μετά από είκοσι χρόνια.