1898μ.Χ. – 1913μ.Χ.
Το Δεκέμβριο του 1898 ξεκινάει επίσημα η λειτουργία της νεοσύστατης Κρητικής Πολιτείας, όταν αποβιβάζεται στη Σούδα ο Πρίγκιπας Γεώργιος με την ιδιότητα του Ύπατου Αρμοστή. Τότε εγκαινιάζεται μία περίοδος ακμής, κατά την οποία τα Χανιά ως πρωτεύουσα του νησιού γίνονται ένα σπουδαίο διοικητικό, εμπορικό, πνευματικό και βιομηχανικό κέντρο.
Στα χρόνια της Κρητικής Πολιτείας επιχειρήθηκε ο κατεξοχήν εκσυγχρονισμός της πόλης. Τα Χανιά αναπτύχθηκαν έξω από τα τείχη με τη διάνοιξη νέων δρόμων και τη κατεδάφιση τμημάτων των ενετικών τειχών. Η πόλη ασφυκτιούσε, καθώς, σύμφωνα με την απογραφή του 1900, στα Χανιά ζούσαν 21.000 άτομα. Το 1911 ισοπεδώνεται ο προμαχώνας Piatta Forma και επιχωματώνεται η τάφρος για να χτιστεί η Δημοτική Αγορά, ενώ σε κεντρικούς δρόμους της νέας πόλης, όπως στην Ηρώων Πολυτεχνείου, στην οδό Τζανακάκη και στη Βασιλέως Κωνσταντίνου (νυν Ανδρέα Παπανδρέου) οικοδομούνται αρκετά νεοκλασικά κτίρια. Πρόκειται για σπίτια που ανήκαν σε γιατρούς, δικηγόρους, μηχανικούς και βουλευτές, όπως το σπίτι του Σαββάκη, το σημερινό δεσποτικό, και το σπίτι του βουλευτή Μανούσου Κούνδουρου. Την εποχή αυτή γνωρίζει σημαντική ακμή και η κοσμική συνοικία της Χαλέπας, η οποία περιλάμβανε πλούσια αρχοντικά, το Παλάτι του Αρμοστή, το σπίτι του Βενιζέλου και την εκκλησία της Αγίας Μαρίας της Μαγδαληνής.
Σε επίπεδο διακυβέρνησης, κόβεται νόμισμα, η Κρητική δραχμή, ιδρύεται η Τράπεζα Κρήτης, συντάσσεται σύνταγμα, εκδίδεται η επίσημη εφημερίδα της Κρητικής Πολιτείας και δημιουργείται η Κρητική Χωροφυλακή. Επίσης, το 1899 συγκροτείται ο Φιλολογικός Σύλλογος «Χρυσόστομος», ενώ παράλληλα ιδρύονται πολλά πνευματικά, φιλανθρωπικά, αθλητικά και εργατικά σωματεία. Στις 29 Απριλίου 1899 σχηματίζεται η πρώτη κυβέρνηση με πέντε Ανώτερες Διευθύνσεις, αντίστοιχες με τα σημερινά Υπουργεία, αυτές των Οικονομικών, των Εσωτερικών, της Δημοσίας Εκπαιδεύσεως και Θρησκευμάτων, των Συγκοινωνιών και Ασφαλείας και τέλος, της Δικαιοσύνης με υπουργό τον Ελευθέριο Βενιζέλο.
Δύο χρόνια αργότερα, το 1901, ο Ελευθέριος Βενιζέλος θα συγκρουστεί με τον Ύπατο Αρμοστή, εξαιτίας της αυταρχικής διακυβέρνησης του Γεωργίου και θα καθαιρεθεί από το υπουργικό αξίωμα του. Το 1905 θα προκαλέσει την επανάσταση του Θερίσου και θα σχηματίσει την Προσωρινή Κυβέρνηση της Κρήτης. Ο Γεώργιος θα εγκαταλείψει το νησί και στη θέση του θα τοποθετηθεί ο Αλέξανδρος Ζαΐμης.
Τον Ιούλιο του 1908 άρχισαν να αποσύρονται οι ξένοι στρατιώτες και η Κρητική Βουλή κηρύσσει την ένωση του νησιού με την Ελλάδα. Οι Κρητικοί υπέστειλαν τη σημαία της Κρητικής Πολιτείας και ύψωσαν στο Φιρκά την ελληνική, την οποία όμως οι ξένες δυνάμεις υπέστειλαν. Ούτε όμως και η Ελλάδα αναγνώρισε επίσημα την ένωση, για να αποφύγει τις αντιδράσεις της Τουρκίας και των ευρωπαϊκών δυνάμεων.
Τελικά, το 1913, χάρη στους νικηφόρους Βαλκανικούς Πολέμους, θα επέλθει η οριστική λύση του Κρητικού Ζητήματος. Με τη Συνθήκη του Λονδίνου (30/5/1913) και την ιδιαίτερη Συνθήκη μεταξύ Ελλάδας και Τουρκίας (1/11/1913) ο Σουλτάνος παραιτήθηκε από κάθε δικαίωμα κυριαρχίας ή επικυριαρχίας επί της Κρήτης. Η ένωση με την Ελλάδα πραγματοποιήθηκε την 1η Δεκεμβρίου του 1913 με την έπαρση της ελληνικής σημαίας στο Φρούριο του Φιρκά παρουσία του τότε Βασιλιά της Ελλάδας Κωνσταντίνου, του Πρωθυπουργού Ελευθερίου Βενιζέλου και των κορυφαίων επαναστατών Χατζημιχάλη Γιάνναρη και Αναγνώστη Μάντακα.
