Η μεγάλη Μονή του Τάγματος των Δομινικανών μοναχών στα Χανιά χτίστηκε γύρω στα 1320 από την αδελφότητα της Κάντια, που με έγγραφο ζητάει την εισαγωγή αδασμολόγητης ξυλείας για τον σκοπό αυτό.
Αρχιτεκτονικά ακολουθεί το πρότυπο της Κεντρικής Μονής του Αγίου Πέτρου. Η Μονή, όπως τη γνωρίζουμε από απεικονίσεις σε παλαιούς χάρτες, φωτογραφίες και περιγραφές, αποτελείται από το ναό με το υψηλό κωδωνοστάσιο και διπλή στοά στη βόρεια πλευρά. Από το συγκρότημα σήμερα σώζεται αλλοιωμένο το καθολικό και ένα μέρος της δυτικής στοάς στη βόρεια πλευρά του (οδός Χατζή Ρούσσου Βουρδουμπά).
Ο ναός ήταν βασιλική με εγκάρσιο κλίτος, το οποίο κατέληγε σε τριμερές βήμα χωρίς αψίδα. Το κεντρικό τμήμα του ιερού και ο σολέας στεγάζεται από μεγάλα σταυροθόλια με έξεργες νευρώσεις και τα πλάγια διαμερίσματα του ιερού από οξυκόρυφες καμάρες. Ο υπόλοιπος ναός ήταν ξυλόστεγος με δίρριχτη στέγη. Στο δυτικό τοίχο του νότιου τμήματος του εγκάρσιου κλίτους έχει τοποθετηθεί μεταγενέστερα εξομολογητήριο με τη μορφή μανιεριστικού θυρώματος. Εξωτερικά ο ναός αντιστηρίζεται με υψηλές αντηρίδες, ενσωματωμένες στην τοιχοποιία. Το βορειοδυτικό διαμέρισμα του ιερού, που στεγάζεται σήμερα με σταυροθόλιο, είναι το υπόλοιπο της βάσης του υψηλού κωδωνοστασίου. Στο τμήμα αυτό του ναού έγιναν ερευνητικές εργασίες από την Αρχαιολογική Υπηρεσία, από τις οποίες προέκυψαν ενδιαφέροντα στοιχεία για την αρχική του μορφή. Από το μέσο του εγκάρσιου κλίτους ένα τοξωτό άνοιγμα, το οποίο διαμορφώθηκε μεταγενέστερα με την προσθήκη ενός θυρώματος σε δεύτερη χρήση, οδηγούσε στη στοά με τα κελιά. Σήμερα σώζεται η περίκλειστη αυλή και η βόρεια πλευρά της διώροφης στοάς. Το ισόγειο αποτελείται κατά ένα μέρος του από σκεπαστή στοά, που στεγάζεται από σταυροθόλια και έχει δωμάτια στον όροφο. Στο κέντρο της αυλής υπήρχε μικρή δεξαμενή.
Στα χρόνια της Τουρκοκρατίας ο ναός μετατράπηκε στο Χουγκιάρ Τζαμισί, που υπήρξε το κεντρικό τζαμί της πόλης. Η σημασία του τονίζεται από την ύπαρξη δύο αντί ενός εξωστών (σεριφιέδων) στο μιναρέ, που κτίστηκε στη νοτιοδυτική γωνιά του ναού. Τα μορφολογικά στοιχεία του μιναρέ παρουσιάζουν ενδιαφέρον, γιατί ακολουθούν τη βενετσιάνικη παράδοση.
Στην πλατεία μπροστά από το τζαμί διαμορφώθηκε κατά το 18ο αιώνα μια υπόγεια κρήνη για τις απαραίτητες τελετουργικές νίψεις. Το 1918 οι ορθόδοξοι των Χανιών κατέλαβαν το ναό και τον καθιέρωσαν προς τιμήν του Αγίου Νικολάου. Τότε προστέθηκε μεγάλη ημικυλινδρική αψίδα στην ανατολική πλευρά. Στη δεκαετία του ’50 μια ατυχής απόπειρα αποκατάστασης του ναού οδήγησε στην αντικατάσταση της ξύλινης στέγης με νέα κατασκευή από σκυρόδεμα και τη διαίρεση του εσωτερικού με τσιμεντένιες κιονοστοιχίες.
