Το φρούριο της Απτέρας κτίστηκε από τους Οθωμανούς μετά την Επανάσταση του 1866, στο πλαίσιο ενός προγράμματος για τη σύνδεση της Κρήτης με ένα δίκτυο από οχυρωματικά έργα, πύργους και φρούρια. Βρισκόταν στη θέση Παλαιόκαστρο, στα ερείπια της Αρχαίας Απτέρας, κοντά στο χωριό Καλάμι και επικοινωνούσε με τα φρούρια της Σούδας, του Ιτζεδίν και τους κουλέδες των Καλυβών και του Νιου Χωριού.
Αποτελούσε το μεγαλύτερο φρουριακό συγκρότημα της εποχής του σε σχήμα Π και είχε εξοπλιστεί με δύο πύργους που ήταν στραμμένοι προς τα δυτικά (ήλεγχε το πέρασμα προς τα Κεραμειά) και τα ανατολικά (προς τις Καλύβες). Περιλάμβανε ποικίλους χώρους, όπως στρατωνισμού, διαμονής αξιωματικών, αποθήκευσης, φυλάκισης, παρασκευής φαγητού και εστίασης.
