Ο ναός του Προφήτη Ηλία βρίσκεται στη θέση «Φρούδια» και έχει κτιστεί την περίοδο της Ενετοκρατίας. Αρχικά είχε κτιστεί το μικρότερο νότιο κλίτος του Προφήτη Ελισαίου. Κατά τα μέσα του 16ου αιώνα προστέθηκε μεγαλύτερος ναός, αφού κατασκευάστηκε στον αρχικό βόρειο τοίχο τοξωτό άνοιγμα επικοινωνίας.
Ο ναός καταστράφηκε κατά τον βομβαρδισμό του λόφου από τις Μεγάλες Δυνάμεις και αποκαταστάθηκε με δαπάνη του Τσάρου, που θεώρησε ότι η έκρηξη ενός κανονιού πάνω στη ρωσική ναυαρχίδα ήταν η τιμωρία του Προφήτη Ηλία για την καταστροφή του ναού του.
Κατά την τελευταία επανάσταση (1897) στην περιοχή του Προφήτη Ηλία ιδρύθηκε το Επαναστατικό Στρατόπεδο των Κρητών. Το πρωί της 9ης Φεβρουαρίου του 1897 είχε αρχίσει μια αψιμαχία μεταξύ Χριστιανών και Τούρκων. Ο Ελευθέριος Βενιζέλος βρισκόταν σε διαπραγματεύσεις με τους επικεφαλείς των Ευρωπαϊκών Δυνάμεων, ενώ ο Τούρκος στρατιωτικός διοικητής για πρώτη φορά είχε επισκεφθεί εκείνη την ημέρα τις ναυαρχίδες των πολεμικών πλοίων τους που ναυλοχούσαν έξω από το λιμάνι των Χανίων. Γύρω στις 3.30 μ.μ. δόθηκε το σύνθημα από την ιταλική ναυαρχίδα και τρομεροί πυροβολισμοί και μύδροι άρχισαν να πέφτουν εναντίον των χαρακωμάτων σε όλη την περιοχή και ιδιαίτερα στον Προφήτη Ηλία, όπου κυμάτιζε η Ελληνική σημαία, δώρο του εγγονού του Ναύαρχου Κανάρη στον Ελευθέριο Βενιζέλο και τον τότε αρχιμανδρίτη Χρύσανθο Τσεπετάκη για το Επαναστατικό Στρατόπεδο του Ακρωτηρίου. Ο βομβαρδισμός υπήρξε συνεχής – πλήθος οβίδων έπεσαν από Χριστιανούς εναντίον Χριστιανών. Και μέσα στον καταιγισμό των πυρών «…τεμάχιον σφαίρας κατέρριψε την σημαίαν, αλλ΄ ο γενναίος οπλαρχηγός Μιχ. Καλορρίζικος διέταξε ν’ αναστηλώσωσιν αυτήν. Πάραυτα ο ατρόμητος οπλίτης Σπύρος Καγιαλεδάκης εν τω μέσω της χαλάζης των βολιδοφόρων οβίδων ήρπασε τον κοντόν και ανεστήλωσε την σημαίαν εις την προτέραν αυτής θέσιν… Μικρόν μετά την αναστήλωσιν της σημαίας, το πυρ της μάχης κατέπαυσε, ταυτοχρόνως δ’ εσίγησαν και τα ευρωπαϊκά τηλεβόλα…» (Γεωργίου Α. Σήφακα «Το Επαναστατικόν Στρατόπεδον Ακρωτηρίου – Ημερολόγιον και Πρακτικά 1897»).
Το γεγονός αυτό που χαρακτηρίζει την Επανάσταση, η αυτοθυσία του ήρωα Κρητικού πολεμιστή που έβαλε το σώμα του ενάντια στα βόλια, ζωντανή ασπίδα του μεγάλου Ιδανικού, κοντάρι ιερό του Εθνικού, αναπαριστά και το μεγάλο άγαλμα που κοσμεί το χώρο.
Στο διαμορφωμένο χώρο και δίπλα από το ναό, έχουν ταφεί ο Εθνάρχης Ελευθέριος Βενιζέλος και ο δευτερότοκος γιός του Σοφοκλής Βενιζέλος, Αρχηγός των Φιλελευθέρων και Πρωθυπουργός επίσης. Στον τάφο του Εθνάρχη έχει αναγραφεί ο επικήδειός του, τον οποίο εξεφώνησε ο ίδιος το 1932. Στην νότια πλευρά του τάφου είναι καταχωρημένο επί λέξει το κείμενο:
«Ο προκείμενος νεκρός αγαπητοί φίλοι ήταν ένας αληθινός άνδρας με μεγάλο θάρρος με αυτοπεποίθησιν και δι΄ εαυτόν και διά τον λαόν τον οποίον εκλήθη να κυβερνήση. Ίσως έκανε πολλά σφάλματα αλλά ποτέ δεν του απέλιπε το θάρρος ποτέ δεν υπήρξε μοιρολάτρης διότι ποτέ δεν επερίμενε από την μοίραν να ιδή την χώραν του προηγμένην αλλά έθεσε εις την υπηρεσία της όλο το πυρ που είχε μέσα του κάθε δύναμιν ψυχικήν και σωματικήν.
Επιτάφιος λόγος αυτοεκφωνηθείς από τον προκείμενον νεκρόν εν τη Βουλή των Ελλήνων την 28 Απριλίου 1932».
