Η Ιερά Μονή Ζωοδόχου Πηγής ή Χρυσοπηγής ιδρύθηκε στα μέσα του 16ου αιώνα από το γιατρό Ιωάννη Χαρτοφύλακα, νοτιοανατολικά της πόλης των Χανίων, σε θέση όπου λειτουργούσε παλαιότερη Μονή. Έχει σχήμα επιμήκους τετραπλεύρου, με τα κελιά των μοναχών και τους υπόλοιπους χώρους να είναι κτισμένα γύρω από τη Μονή. Το καθολικό, τρίκογχος ναός με τρούλο, είναι αφιερωμένος στην Παναγία την Ζωοδόχο Πηγή και βρίσκεται στο μέσον του κτιριακού συγκροτήματος. Η ανατολική πτέρυγα της Μονής οικοδομήθηκε μετά το 1745, ενώ ο νάρθηκας και τα δύο παρεκκλήσια του ναού αποτελούν προσθήκες του 19ου αιώνα.
Η πρώτη μαρτυρία για το συγκεκριμένο μοναστήρι συναντάται στα 1584 και αφορά μια επιστολή του Πατριάρχη Αλεξανδρείας Μελετίου Πηγά προς τον ιερομόναχο Διονύσιο της Χρυσοπηγής, ενώ κατά τις επόμενες δεκαετίες ο Χαρτοφύλακας με επιστολές προς την ενετική διοίκηση θα ζητεί την άδεια να αφιερώσει κτήματα στη Μονή του. Κατά τη διάρκεια της Ενετοκρατίας η Μονή θα αναπτυχθεί οικονομικά, αλλά και πνευματικά, καθώς θα έρθει σε επικοινωνία με τον Πατριάρχη Αλεξανδρείας Κύριλλο Λούκαρη.
Το 1645 ο ηγούμενος της Μονής Φιλόθεος Σκούφος με 34 μοναχούς πολέμησε τους Οθωμανούς, ωστόσο η ενέργεια αυτή πιθανόν να πέρασε απαρατήρητη από τους κατακτητές, καθώς το μοναστήρι δεν καταστράφηκε κατά τη διάρκεια του πολέμου. Το 1654 απέκτησε σταυροπηγιακή αξία και το 1681 συνενώθηκε με τη Μονή του Αγίου Ελευθερίου. Τα επόμενα χρόνια, μέχρι την επανάσταση του 1821, η Μονή θα εξακολουθεί να αναπτύσσεται οικονομικά και την περίοδο αυτή θα αποκτήσει πλείστα μετόχια με τεράστια κτήματα, ελαιώνες και αμπελώνες. Η αδελφότητα της Μονής θα λάβει μέρος στην επανάσταση και θα αναγκαστεί να την εγκαταλείψει. Τα μετόχια της θα εγκαταλειφθούν και το μοναστήρι θα καεί.
Οι πρώτοι μοναχοί θα επιστρέψουν το 1838, ενώ η έδρα της Μονής, η οποία είχε μεταφερθεί το 1826 στη Μονή του Αγίου Ελευθερίου, θα επιστρέψει το 1848. Από τότε θα ξεκινήσει μια περίοδος ανασυγκρότησης του μοναστηριού με την αποκατάσταση των ζημιών, αλλά και την οικοδόμηση νέων κτισμάτων. Στην επανάσταση του 1897 διέτρεξε για άλλη μια φορά σοβαρό κίνδυνο, ωστόσο το κτιριακό συγκρότημα της Μονής δεν υπέστη σοβαρές καταστροφές. Κατά τον 20ο αιώνα η Μονή άρχισε να παρακμάζει. Η τεράστια περιουσία της απαλλοτριώθηκε από το εφεδρικό ταμείο και λίγο αργότερα, το 1941, οι μοναχοί αναγκάστηκαν να την εγκαταλείψουν, καθώς μετατράπηκε σε διοικητήριο των Γερμανών.
Το 1976 μετατράπηκε σε γυναικεία και αναστηλώθηκε εκ θεμελίων από τη νέα αδελφότητα, η οποία έκτοτε συνεχίζει το πλούσιο κοινωνικό και πνευματικό έργο του ιστορικού αυτού μοναστηριακού ιδρύματος.
