Η εκκλησία της Αγίας Μαρίας της Μαγδαληνής, ο λεγόμενος «ηγεμονικός ναός», κτίστηκε όταν ο Ύπατος Αρμοστής Κρήτης Πρίγκιπας Γεώργιος προσέφερε στις αρχές του 1901 δέκα χιλιάδες ρούβλια και τα σχέδια για την ανέγερση μιας εκκλησίας, σε ανάμνηση της διαμονής στα Χανιά της αδελφής του Μαρίας, συζύγου του Μεγάλου Δούκα της Ρωσίας Γεωργίου.
Ο Αρμοστής κατέθεσε τα χρήματα στην Τράπεζα Κρήτης και τα σχέδια, που είχαν εκπονηθεί στη Ρωσία, παραδόθηκαν στο διευθυντή των Δημοσίων Έργων Παντζείρη για να τα μελετήσει. Πρόκειται για ιδιόρρυθμο αρχιτεκτονικό τύπο ναού με ευρυγώνια αίθουσα που καταλήγει σε διακοσμητικό τρούλο ρωσικής μορφής και περιβάλλεται από περιμετρική στοά. Τελικά, αποφασίστηκε η νέα εκκλησία, δυναμικότητας 80 ατόμων, ν’ ανεγερθεί απέναντι από τα Ανάκτορα και σ’ αυτή να λειτουργεί ορθόδοξος ιερέας. Την επίβλεψη για την εκτέλεση του έργου και τη διαμόρφωση του περιβάλλοντος χώρου ανέλαβε ο αρχιτέκτονας Χρήστος Τσολίνας. Στις 6 του Γενάρη του 1903 τελέσθηκαν τα εγκαίνια σε πολύ στενό κύκλο με παρουσία της βασίλισσας Όλγας της Ελλάδος, του Μητροπολίτη Κρήτης Ευγένιου και του Πρίγκιπα Γεώργιου, του υπασπιστή του πρίγκιπα Λεμπέση και του ιδιαιτέρου γραμματέα Παπαδιαμαντόπουλου και της συζύγου του.
Ο Πρίγκιπας, μετά την αναχώρηση του από την Κρήτη, τον Μάιο του 1909, προσέφερε το ναό στο Δήμο Χανίων και στη Χαλέπα, σε ανάμνηση των ημερών που πέρασε στην Κρήτη και της αγάπης με την οποία τον περιέβαλε η κοινότητα της Χαλέπας.
