Όταν ο πόθος των Κρητικών έγινε πραγματικότητα και την 1η Δεκεμβρίου 1913 ενώθηκε η Κρήτη με τη μητέρα Ελλάδα, όλα τα βλέμματα στράφηκαν στην επόμενη ημέρα. Χωρίς κατακτητές και σκλαβωμένους, τα Χανιά ατένιζαν το μέλλον με αισιοδοξία. Πραγματικά, ο 20ος αιώνας σηματοδότησε μια ριζική μεταμόρφωση της πόλης των Χανίων σε όλα τα επίπεδα.
Η Κρήτη έγινε Γενική Διοίκηση και τα Χανιά αποτέλεσαν την έδρα του Γενικού Διοικητή. Ο πληθυσμός της από 21.000 το 1900 έφτασε τους 26.000 το 1928, τους 29.000 το 1940 και τους 33.211 το 1961. Ακολούθως, στις αρχές του αιώνα η πόλη καταλάμβανε 70 εκτάρια και απλωνόταν κατά μήκος των παλιών αγροτικών δρόμων, γύρω από τον βενετικό περίβολο. Σταδιακά η έκτασή της αυξανόταν τις επόμενες δεκαετίες και το 1961 έφτασε τα 275 εκτάρια.
Το 1938, την περίοδο δικτατορίας του Μεταξά, επιφανείς Χανιώτες, όπως ο Αριστομένης Μητσοτάκης, ο Μανούσος Βολουδάκης και ο στρατηγός Μάντακας προχώρησαν ανεπιτυχώς στη σύσταση ενός αντιδικτατορικού κινήματος.
Ο αγώνας για την ελευθερία συνεχίστηκε με αμείωτη ένταση, όταν λίγα χρόνια αργότερα, το Μάιο του 1941, ξεκίνησε το έπος της Μάχης της Κρήτης. Ήταν πρωί της 20ης Μαΐου, όταν μετά από σφοδρό βομβαρδισμό άρχισαν να πέφτουν κατά κύματα χιλιάδες Γερμανοί αλεξιπτωτιστές στη δυτική Κρήτη. Οι συμμαχικές δυνάμεις, τα λιγοστά ελληνικά στρατεύματα και ιδιαίτερα οι άοπλοι Κρητικοί ρίχτηκαν στη φωτιά του πολέμου χωρίς να φοβηθούν τις υπέρτερες και άρτια εξοπλισμένες δυνάμεις του εχθρού. Στην περιοχή της Αγυιάς και του Γαλατά διεξήχθησαν σφοδρές μάχες, ωστόσο ο αγώνας είχε ήδη κριθεί, καθώς λίγες μέρες αργότερα το νησί θα περνούσε στα χέρια των Ναζί.
Ο άμαχος πληθυσμός προκάλεσε τον παγκόσμιο θαυμασμό, καθώς πολέμησε με αυτοθυσία και επέφερε τεράστιο πλήγμα στην πανίσχυρη γερμανική μηχανή. Όμως το τίμημα ήταν μεγάλο. Οι βομβαρδισμοί κατέστρεψαν σπουδαία βενετικά και οθωμανικά μνημεία στην παλιά πόλη των Χανίων, ενώ και ο ίδιος ο πληθυσμός έμελλε να βιώσει την αντεκδίκηση των Ναζί, τον εμπρησμό ολόκληρων χωριών και τις αθρόες εκτελέσεις. Τα χρόνια πέρασαν, αλλά η ιστορική μνήμη δεν έσβησε και αρκετοί μαρτυρικοί τόποι, όπως η περιοχή του Γολγοθά, πλησίον των φυλακών της Αγυιάς, όπου οι Γερμανοί έδεναν τους μελλοθάνατους πατριώτες σ’ έναν στύλο και τους εκτελούσαν, αποτελούν σήμερα μνημεία τιμής και δόξας για τους ήρωες της ελευθερίας.
Το τέλος του πολέμου, το 1945, βρήκε λαβωμένα τα Χανιά, τα οποία όμως πολύ γρήγορα άφησαν τις πληγές του παρελθόντος για να πρωταγωνιστήσουν στη δημιουργία ενός πιο αισιόδοξου αύριο.
Το 1965 η παλιά πόλη των Χανίων χαρακτηρίσθηκε «ιστορικό διατηρητέο μνημείο» και από τότε ξεκίνησαν οι προσπάθειες για τη διατήρηση και ανάδειξή της. Οι επεμβάσεις και οι προσπάθειες ενοποίησης αρχαιολογικών χώρων έδωσαν πράγματι τη δυνατότητα ανάδειξης της πλούσιας κληρονομιάς των Χανίων, τα οποία έκτοτε αποτέλεσαν και αποτελούν πόλο έλξης για εκατομμύρια τουρίστες.
