Κατά την διάρκεια της Ενετικής Κατοχής (1204-1669) η ανάγκη για πλησιέστερη παρουσία του βενετσιάνικου στόλου στην Κρήτη υποχρέωσε τη Βενετία να κατασκευάσει Νεώρια (arsenali), στα οποία επισκευάζονταν τα πλοία κατά τη διάρκεια του χειμώνα.
Ήδη από το 1467 δόθηκε από τη Βενετία η διαταγή για κατασκευή ενός αριθμού νεωρίων, ανά δυο για τις πόλεις Χανιά και Ρέθυμνο. Τα δύο πρώτα νεώρια στα Χανιά ολοκληρώθηκαν μόλις το 1526. Το 1593 έχουν κατασκευαστεί ήδη τα 16 νεώρια, που χρειάζονταν όμως επισκευή. Το 1599 ολοκληρώνεται το νότιο συγκρότημα με την κατασκευή και του 17ου νεωρίου. Το 1607, παράλληλα με την επέκταση του βορειοανατολικού προμαχώνα, αρχίζει η κατασκευή στο μυχό του λιμανιού προς τα ανατολικά πέντε ακόμη νεωρίων, τα οποία είναι γνωστά ως νεώρια του Moro, από το όνομα του Γενικού Προβλεπτή που το πρότεινε. Από αυτά, ολοκληρώθηκαν τα δυο και κατασκευάστηκαν οι τοίχοι μέχρι την αρχή της καμάρας του τρίτου. Αργότερα, το τρίτο αυτό νεώριο στεγάστηκε με απλή κεραμοσκεπή, η οποία κατέρρευσε από του βομβαρδισμούς του 1941.
Στα χρόνια της Τουρκοκρατίας, η έλλειψη συντήρησης του λιμανιού και η υποβάθμιση του ρόλου του συντέλεσαν ώστε να εγκαταλειφθεί η αρχική χρήση των νεωρίων και να μετατραπούν κυρίως σε στρατιωτικές αποθήκες. Από το μεγάλο συγκρότημα των 17 νεωρίων σταδιακά κατεδαφίστηκαν τα εννέα. Σήμερα σώζεται μια ομάδα από επτά συνεχόμενους θόλους και ένα ακόμη δυτικότερα, το Μεγάλο Αρσενάλι (σήμερα Κέντρο Αρχιτεκτονικής της Μεσογείου). Από το συγκρότημα του Moro σώζονται ακέραια τα δύο, στο μυχό του λιμανιού.
Στην αρχική τους μορφή τα νεώρια ήταν ανοικτά προς την πλευρά της θάλασσας, η οποία εισχωρούσε στο εσωτερικό τους έως ένα σημείο προκειμένου να είναι δυνατή η ανάσυρση των σκαφών. Ήταν θολοσκέπαστα και επικοινωνούσαν μεταξύ τους με τοξωτά ανοίγματα στο πάχος της τοιχοποιίας. Η είσοδος στα νεώρια γινόταν από δυο πύλες: μια στη νότια πλευρά του 9ου νεωρίου και άλλη μια στη δυτική του 17ου. Τα νεώρια έχουν περίπου 50 μ. μήκος, 9 μ. πλάτος και μέσο ύψος 10 μ. Στη νότια πλευρά υπάρχουν και τα μοναδικά φωτιστικά ανοίγματα – ένας στρογγυλός φεγγίτης και ανά δύο μεγάλα παράθυρα. Η κύρια είσοδος στο συγκρότημα ήταν περίπου στο μέσον, στο σημερινό τέρμα της οδού Δασκαλογιάννη, όπου σώζεται και το δυτικό μισό τμήμα μεγαλοπρεπούς πύλης.
Στο χώρο των νεωρίων που κατεδαφίστηκαν κατασκευάστηκε το πέτρινο κτίριο του νέου τελωνείου των Χανίων, που περιβάλλεται σήμερα από δύο πλατείες.
